جلسه فوق‌العاده و فوری هیات‌امنای دانشگاه آزاد اسلامی با حضور علی‌اکبر ولایتی تشکیل شد و با تصمیم اعضاء فرهاد رهبر از ریاست دانشگاه آزاد اسلامی عزل شد.
صبح امروز خبرگزاری‌ها از تشکیل جلسه فوق العاده هیات امنای دانشگاه آزاد اسلامی و برکناری فرهاد رهبر از ریاست این دانشگاه خبر دادند.
پس از گذشت ساعاتی از برکناری فرهاد رهبر اعلام شد که محمدمهدی طهرانچی با اکثریت آرای هیات امنا جایگزین فرهاد رهبر و سرپرست دانشگاه آزاد اسلامی شد. حالا هیات امنا سه ماه فرصت دارد که رییس جدید دانشگاه آزاد را انتخاب کند. هرچند برکناری فرهاد رهبر ناگهانی بود، اما پیش از این خبر‌هایی از وجود اختلاف میان علی اکبر ولایتی و فرهاد رهبر به گوش می‌رسید.
این اختلافات از زمستان سال گذشته اوج گرفت در آن زمان گفته می‌شد فرهاد رهبر قهر کرده و در محل کار خود حاضر نمی‌شود. حتی گفته می‌شد او استعفا کرده است.
اما این گفته ها از سوی علی اکبر ولایتی تکذیب شد. ولایتی دهم اسفند ماه دراین باره گفت: «ما از اینکه دکتر فرهاد رهبر ریاست دانشگاه آزاد اسلامی را به‌عهده دارند، خوشحالیم و همکاری تنگاتنگی بین بنده، دکتر رهبر، معاونان ایشان و مدیریت اجرایی و علمی دانشگاه آزاد اسلامی وجود دارد و چنین موضوعی به هیچ وجه صحت ندارد.» ولایتی با اشاره به فضاسازی‌ها و شایعات موجود پیرامون دانشگاه آزاد اسلامی گفت: «این فضاسازی‌ها، القای شبهه از سوی کسانی است که منافع آنان در دانشگاه آزاد اسلامی به‌خطر افتاده است.»
حالا پس از شش ماه از این تکذیبیه به نظر می‌رسد، اختلاف‌های مدیریتی در دانشگاه آزاد وجود داشته است.
در آن زمان گفته می‌شد اختلافات ریشه در عزل و نصب‌ها دارد. ظاهرا علی اکبر ولایتی از همان ابتدا طهرانچی را برای ریاست دانشگاه آزاد به فرهاد رهبر ترجیح می‌داده است. اما به هر حال رهبر توانست به ریاست دانشگاه برسد.
طهرانچی و رهبر هر دو از روسای دانشگاه‌های بزرگ کشور در دولت محمود احمدی نژاد بودند، رهبر در دانشگاه تهران و طهرانچی در دانشگاه بهشتی. اما طهرانچی به علی اکبر ولایتی نزدیکتر بود.
هنگامی هاشمی رفسنجانی ولایتی را به عنوان رییس مرکز تحقیقات استراتژیک مجمع تشخیص مصلحت نظام منصوب کرد، ولایتی طهرانچی را به عنوان معاون خود به مجمع تشخیص برد. با این وجود در ۲۵ تیر ۹۶، هیات امنای دانشگاه آزاد فرهاد رهبر را به عنوان رئیس پیشنهادی دانشگاه آزاد به شورای عالی انقلاب فرهنگی معرفی کرد در اول مرداد ۱۳۹۶ جلسه کمیته انتخاب رؤسای دانشگاه‌ها در شورای عالی انقلاب فرهنگی برگزار شد و فرهاد رهبر با تأیید شورای عالی انقلاب فرهنگی، به عنوان رئیس قطعی دانشگاه آزاد اسلامی منصوب شد.
برخی معتقدند ریشه اختلافات رهبر و ولایتی را باید در نامه ۵ بندی حمید میرزاده رییس پیشین دانشگاه آزاد جست و جو کرد.
پس از مرگ آیت الله هاشمی رفسنجانی، علی اکبر ولایتی از سوی رهبر معظم انقلاب به عنوان رییس هیات موسس دانشگاه آزاد منصوب شد. این حکم در ۳۰ دی ماه سال ۹۵ یعنی حدود ۱۱ روز پس از مرگ آیت الله هاشمی صادر گردید. در بهمن ماه همان سال ولایتی به عنوان رییس هیات امنا نیز انتخاب شد. به این ترتیب این سیاستمدار با تجربه به مرد قدرتمند دانشگاه آزاد تبدیل شد. پس از آن ولایتی با رییس دانشگاه آزاد یعنی حمید میرزاده به اختلافات جدی برخورد. کار اختلافات به افشاگری کشیده شد و این دو علیه یکدیگر ادعا‌هایی مطرح کردند.
در این راستا حمید میرزاده نامه ۵ بندی علیه ولایتی منتشر کرد، در بخشی از این نامه خطاب به ولایتی، از شرط ولایتی برای ادامه همکاری با میرزاده پرده برداری شده است. در بخشی از نامه میرزاده آمده که ولایتی به او گفته است “اصلا من با تو نمی‌توانم کار کنم! “. نامه میرزاده مدعی است: «افزودید در صورتی می‌توانید رییس دانشگاه بمانید که من هرچه گفتم بپذیرید، هر که را گفتم عزل کنید و هر که را گفتم نصب کنید و هر کاری گفتم انجام دهید و اختیاری نداشته باشید. بنده هم عرض کردم پس تکلیف اختیارات و وظایف رییس دانشگاه که در مواد ۱۳ و ۱۴ اساسنامه بدان تصریح شده و اداره امور دانشگاه و عزل و نصب مدیران به رییس دانشگاه محول شده چه می‌شود؟ که آقای دکتر ولایتی گفتند من کاری به اساسنامه ندارم.»
