مهدی خزعلی چشم پزشک و فرزند آیت‌الله ابوالقاسم خزعلی که در سال های ۱۳۶۵ تا ۱۳۷۴؛ همکاری مستمر با دفتر بررسی ها و مطالعات ریاست جمهوری را در کارنامه خود دارد، در آخرین اظهارات خود افشاگری هایی را در خصوص کشتار زندانیان سیاسی در تابستان ۱۳۶۷ به عمل آورده است.
وی حزب جمهوری اسلامی را که پس از شورش 57 (انقلاب 57) با بنیان گذارانی چون محمد حسینی بهشتی، عبدالکریم موسوی اردبیلی، اکبر هاشمی رفسنجانی، سید علی خامنه‌ای و محمد جواد باهنر شکل گرفت را عامل اصلی این کشتار دانسته و اصلاح طلبان کنونی را خشونت طلبان همان دهه نامید.
حزب جمهوری اسلامی مهم‌ترین تشکل مسلمانان انقلابی هوادار روحانیت در برابر دیگر تشکل‌های سیاسی بود که به سبب اختلاف های داخل حزبی در خرداد ماه ۱۳۶۶ تعطیل شد.
اعدام زندانیان سیاسی در تابستان ۱۳۶۷ واقعه‌ای بود که طی آن به فرمان سید روح‌الله خمینی، چندین هزار زندانیان سیاسی و عقیدتی در زندانهای نظام جمهوری اسلامی در ماه‌های مرداد و شهریور ۱۳۶۷ به شکلی مخفیانه اعدام و در گورهای دسته‌جمعی دفن شدندب. از جمله جرم زندانیان همکاری با سازمان‌های مخالف نظام به خصوص سازمان مجاهدین خلق ایران و همچنین طیف‌های مختلفی از گروه‌های چپ بود. تعداد قربانیان این واقعه نهایتاً تا ۴۴۸۲ نفر تخمین زده می‌شود.
چگونگی حکم خمینی
پس از تهاجم نیروهای سازمان مجاهدین با پشتیبانی ارتش عراق به داخل ایران که در بین خودشان بنام عملیات فرو جاویدان معروف است ( روز ۳ مرداد آغاز و ۷ مرداد پایان) خمینی حکمی را دربارهٔ بررسی مجدد پرونده زندانیانی که همچنان بر سر موضع خود بودند و صدور حکم محکومیت اعدام برای کسانی که برنامه شورش در زندان هم‌زمان با برنامه‌های بیرون سازمان داشتند، صادر کرد. متن نامه‌ها در خاطرات حسین‌علی منتظری که در آن زمان از مقامات رده بالای جمهوری اسلامی و قائم مقام رهبری بوده است، و با اعدام‌ها مخالف، وجود دارند.
خمینی همگی را «محارب» نامیده و چنین حکم می‌دهد:
«از آنجا که منافقین خائن به هیچ وجه به اسلام معتقد نبوده و هر چه می‌گویند از روی حیله و نفاق آنهاست و به اقرار سران آنها از اسلام ارتداد پیدا کرده‌اند، با توجه به محارب بودن آنها و جنگ کلاسیک آنها در شمال و غرب و جنوب کشور با همکاری‌های حزب بعث عراق و نیز جاسوسی آنها برای صدام علیه ملت مسلمان ما و با توجه به ارتباط آنان با استکبار جهانی و ضربات ناجوانمردانهٔ آنان از ابتدای تشکیل نظام جمهوری اسلامی تا کنون، کسانی که در زندانهای سراسر کشور بر سر موضع نفاق خود پافشاری کرده و می‌کنند، محارب و محکوم به اعدام می‌باشند و تشخیص موضوع نیز در تهران با رای اکثریت آقایان حجت‌الاسلام نیری دامت افاضاته (قاضی شرع) و جناب آقای اشراقی (دادستان تهران) و نماینده‌ای از وزارت اطلاعات می‌باشد، اگر چه احتیاط در اجماع است، و همین‌طور در زندانهای مراکز استان کشور رای اکثریت آقایان قاضی شرع، دادستان انقلاب و یا دادیار و نماینده وزارت اطلاعات لازم الاتباع می‌باشد، رحم بر محاربین ساده‌اندیشی است، قاطعیت اسلام در برابر دشمنان خدا از اصول تردیدناپذیر نظام اسلامی است، امیدوارم با خشم و کینه انقلابی خود نسبت به دشمنان اسلام رضایت خداوند متعال را جلب نمایید، آقایانی که تشخیص موضوع به عهده آنان است وسوسه و شک و تردید نکنند و سعی کنند اشداء علی الکفار باشند. تردید در مسائل قضایی اسلام انقلابی نادیده گرفتن خون پاک و مطهر شهدا می‌باشد. والسلام»
در آن زمان رئیس وقت دفتر خمینی سید احمد خمینی بود که در نامه‌ای در مورد جزییات این اعدام‌ها می‌پرسد و تأکید می‌کند آیا این حکم شامل کسانی که محاکمه شده‌اند و دوران زندان‌شان به زودی تمام می‌شود هم هست یا نه؟ و در مورد محکومان از شهرستان‌هایی که استقلال قضایی هم دارند چطور؟ ( در همین رابطه منتظری در خاطرات خود می‌نویسد که در آن زمان گفته می‌شد که نامه اول به خط احمد خمینی نوشته شده است. و در مورد نامه دوم هم آشکارا دستخط خط سؤال کننده و پاسخ دهنده نامه یکسان است!)
پاسخ روح‌الله خمینی بدین‌گونه است که:
بسمه تعالی در تمام موارد فوق هر کس در هر مرحله اگر بر سر نفاق باشد حکمش اعدام است. سریعاً دشمنان اسلام را نابود کنید. در صورت رسیدگی به وضع پرونده‌ها در هر صورت که حکم سریعتر اجرا گردد همان مورد نظر است.
