روزنامه ی کیهان که برای ماندن فرهاد رهبر در ریاست دانشگاه تهران تلاش بسیاری کرده بود، بعد از برکناری او که خواست دانشجویان و اساتید بود، به شدت عصبانی شده است. کیهان پس از برکناری فرهاد رهبر از وزارت علوم بسیار عصبانی شده و به وزیر علوم پرخاش می کند، از جمله در شماره ی روز پنج شنبه وزیر را «گماشته ی افراطیون در وزارت علوم» خواند.
کیهان در ستون ویژه نوشت:
« فرجی دانا گماشته افراطیون در وزارت علوم، آن قدر در برکناری دکتر فرهاد رهبر عجولانه و نسنجیده عمل کرد که حتی فرصت انتخاب فرد جایگزین را نداشت و دانشگاه تهران از هفته گذشته توسط سرپرست (دکتر امید) اداره می‌شود. پیش از خیز فتنه‌گران برای برکناری فرهاد رهبر، حلقه انحرافی در دولت سابق به این کار اقدام کرده بود که آن زمان با مخالفت و مقاومت وزیر علوم وقت مواجه شد. فرجی‌دانا با وجود جلب حسن ظن و اعتماد مجلس به اینکه با فتنه‌گران نیست، اقدام به حدود 30 عزل و نصب در حوزه معاونین و روسای دانشگاه‌ها کرد، که عمدتا در ارتباط با فتنه‌گران است ».
وزارت علوم در ماه های اخیر هیچ کنترلی بر دانشگاه تهران نداشت و برخی نمایندگان به صورت غیر طبیعی و خارج از اختیارات خود می خواستند فرهاد رهبر را با چنگ و دندان نگه دارند.
برکناری فرهاد رهبر همچنان که کیهان نوشته، یکی از خط قرمزهای بخشی از مجلسی ها بود که تصور می کردند آقای وزیر «حسن ظن و اعتماد مجلس» را برای ماندن فرهاد رهبر جلب کرده است.
وزیر علوم در این مدت تعدادی از روسای دانشگاه را مطابق با شعارهای دولت جدید تغییر داده و فرهاد رهبر هم یکی از اصلی ترین گزینه های مورد نظر منتقدان برای برکناری بود که با تاخیر برکنار شد.
وزارت علوم پس از برکناری فرهاد رهبر، سرپرستی را منصوب کرده تا به صورت مشورتی با دانشگاهیان به انتخاب رییس جدید اقدام کند.
