پس از برکناری سپهبد تیمور بختیار پاکروان که افسر تحصیل‌کرده و موجه ای بود به ریاست سازمان امنیت و اطلاعات کشور (ساواک) منصوب گردید.
سرلشگر پاکروان در فرانسه تحصیل‌کرده و افسری بافضیلت و اهل ادبیات و فلسفه و منطق و بسیار عالم و دارای روحیه آرام و دموکرات منشانه بود و با توجه به این جهات او را رئیس ساواک گذاشتند تا وجهه سازمان امنیت را که در دوران تیمور بختیار به یک تشکیلات سفاک و خون‌ریز معروف شده بود تطهیر نماید.
پاکروان پس از انتصاب به ریاست ساواک اولین کاری که کرد ممنوعیت شکنجه در ساواک برای اعتراف گیری بود و دستوراتی اکید در مورد نحوه برخورد مأموران و زندانبانان با زندانیان صادر کرد و خودش هم بر حسن اجرای این دستورات نظارت می‌کرد.
او به‌شدت مخالف اعمال خشونت بود و حتی یادم هست سرهنگ سیاحتگر را که در جریان بازجویی از یک متهم کشیده‌ای به گوش زندانی زده بود تنبیه و تبعید کرد.
حدر آن موقع زندان اوین در ده ونک که جزو املاک سید ضیاءالدین طباطبائی بود ساخته نشده بود و زندانیان سیاسی یا به زندان‌های مخوف شهرستان‌ها نظیر فلک الافلاک خرم‌آباد تبعید می‌شدند و یا چهره‌های بی‌خطر نظیر بازماندگان جبهه ملی و مصدقی‌ها را در زندان قزل‌حصار تهران که اکنون به میدان میوه و تره‌بار تبدیل‌شده است نگهداری می‌کردند.
وقتی سرلشگر پاکروان رئیس ساواک شد تعداد از روحانیون طرفدار جبهه ملی و گروهی از ملی – مذهبی‌ها نظیر آقای طالقانی و مهندس بازرگان و سحابی در قزل‌حصار زندانی بودند.
پاکروان در اولین اقدام تصمیم گرفت تا تعدادی از بی‌خطرترین این زندانیان را پس از مصاحبه و ارشاد و اخذ تعهد آزاد نماید.
یکی از این زندانیان آیت‌الله طالقانی روحانی سلیم‌النفس و محبوب بازاریان تهران و امام جماعت مسجد هدایت در خیابان استانبول بود.
طالقانی بچه گیلیرد طالقان از توابع اوجبلاغ و انسان خلیق و آزاده و روحانی نواندیش و آزادیخواه و از یاران جبهه ملی بود و به‌واسطه انتقاداتی که از ظلم و دیکتاتوری می‌کرد مرتباً دستگیر و زندانی می‌شد!
پاکروان برای نشان دادن اینکه ساواک دیگر آن ساواک زمان بختیار نیست و رژیم دنبال تعامل با مخالفان است تعدادی از ملی مذهبی ها را آزاد کرد.
ازجمله یکی دو روز قبل از حوادث خرداد 42 پاکروان تصمیم به آزادی آیت‌الله طالقانی می‌گیرد.
در آن زمان دفتر ریاست ساواک در فیشرآباد تهران بود که بعدها تبدیل به دفتر بازرسی شاهنشاهی – دفتر کار ارتشبد حاج‌آقا حسین فردوست – شد و هنوز هم آن ساختمان چهار طبقه آجری به همان صورت وجود دارد و در اختیار شهرداری تهران است.
پاکروان پرونده طالقانی را می‌خواهد و پرویز ثابتی پرونده را نزد رئیس ساواک می‌برد، پاکروان پس از تورق صفحات پرونده و مطالعه چند برگ از آن به ثابتی دستور می‌دهد به رئیس زندان بگوید الساعه طالقانی را به دفتر او بفرستند!
ثابتی علت را جویا می‌شود و سرلشگر پاکروان می‌گوید قصد آزاد کردنش رادارم!
ثابتی به‌عنوان معاون امنیتی مخالفت می‌کند و می‌گوید این شخص ملای خطرناکی است و آزاد کردنش در این ایام که مصادف با ماه محرم می‌باشد به صلاح نمی‌باشد و ممکن است مجدداً منبر برود و مردم را تحریک کند!
پاکروان که خودش هم عمیقاً آدم ملی‌گرا، وطن‌دوست و در ضمن مؤمن به اسلام و دارای تمایلات دینی و مذهبی بود توصیه ثابتی را قبول نمی‌کند و به‌این‌ترتیب حدود دو بعدازظهر روز سیزدهم خردادماه سال 1342 آیت‌الله طالقانی را در معیت مأموران زندان و تحت‌الحفظ به دفتر رئیس ساواک می‌آورند.
ملاقات و گفتگوی رئیس ساواک و آیت‌الله طالقانی تا حدود هشت شب به درازا می‌کشد و سرلشگر پاکروان شرط آزادی طالقانی را قول او برای منبر نرفتن قرار می‌دهد!
طالقانی می‌پذیرد و به پاکروان می‌گوید من همان‌طور که تأکیددارید قول می‌دهم تا اطلاع ثانوی بالای منبر نروم!
سرلشگر پاکروان برای اطمینان بیشتر و درج در پرونده از طالقانی می‌خواهد تا این مطلب را به خط خود نوشته و امضاء کند!
قلم و کاغذ به طالقانی می‌دهد و طالقانی هم کتباً متعهد می‌شود پس از آزادی از بالای منبر رفتن خودداری کند!
ثابتی تعریف می‌کرد: حدود هشت شب پاکروان مرا احضار کرد و گفت آقای طالقانی خواسته ساواک را اجابت کرده و تعهد داده و آزاد است برود، الساعه با ماشین اداره ایشان را به خانه بفرستید!
من اظهار مخالفت کردم و گفتم ایشان حکم قضایی دارد و حکم زندان در پرونده‌اش هست!
پاکروان گفت: خودتان بعداً ترتیب کارهای اداری را بدهید!
فردا شب 14 خرداد بود، خبر رسید که طالقانی در مسجد هدایت حاضرشده و سخنرانی تندی علیه رژیم بیان کرده است!
جریان ازاین‌قرار بود که طالقانی به مسجد می‌رود و بعد از اقامه نماز پائین منبر می‌نشیند.
یکی از روحانیون بالای منبر رفته و پس از اتمام سخنرانی مذهبی خود به مناسبت ایام عزاداری محرم از حضار می‌خواهد صلواتی برای سلامتی آقای طالقانی ختم کنند تا آیت‌الله طالقانی بالای منبر رفته و حضار را مستفیض نماید!
آیت‌الله طالقانی می‌گوید من به رئیس ساواک قول و تعهد کتبی داده‌ام که من‌بعد بالای منبر نروم، پس میکروفن را بدهید تا از همین پائین صحبت کنم!
این درست یک روز قبل از حوادث 15 خرداد 42 بود.
گزارش را نزد پاکروان بردم و جریان را شرح دادم و گفتم تیمسار ببینید چطور این ملأ شما رئیس ساواک مملکت را بازی داد و به شما رکب زد!
پاکروان که از خشم سرخ‌شده بود و کف به دهان آورده بود گفت: ” آقا مگر این‌ها اخلاق سرشان نمی‌شود!”
* پاکروان در جریان دستگیری عوامل روحانی و غیرروحانی غائله 15 خرداد 42 خویشتن‌داری نشان داد و حتی با سعه‌صدر با دستگیرشدگان برخورد کرد و به #اسدالله_علم توصیه اکید کرد تا از اعدام آیت‌الله خمینی منصرف شود.
پس از 15 خرداد 42 پاکروان به سهل‌انگاری در برخورد با مخالفان رژیم متهم و از کار برکنار و خانه‌نشین شد و نعمت الله نصیری از کودتاچیان 28 مرداد 32 که به سفاکی و بی‌رحمی اشتهار داشت رئیس ساواک شد،
پاکروان پس از انقلاب اسلامی ایران ماند و از کشور خارج نشد و معتقد بود در چهار سال ریاستش بر ساواک با مخالفان تعامل داشته و کسی را شکنجه و آزار نکرده و حتی عامل اصلی جلوگیری از اعدام حتمی آیت الله خمینی او بوده است!
اما شیخ صادق خلخالی او را گرفت و در سه سوت تیرباران کرد!
