سازمان دیده بان حقوق بشر، گزارش‌گران بدون مرز و کمپین بین المللی حقوق بشردرایران، با انتشار بیانیه‌ای از حسن روحانی، رئیس جمهور ایران، خواستند که مصطفی پورمحمدی وزیر پیشنهادی وزارت دادگستری در دولت‌اش را کنار بگذارد.
متن کامل این بیانیه در زیر می آید:
خواهان تحقیق و برسی نقش مصطفی پورمحمدی در کشتار جمعی مخالفان هستیم
سازمان دیده بان حقوق بشر، گزارش‌گران بدون مرز و کمپین بین المللی حقوق بشردرایران، با انتشار بیانیه‌ای از حسن روحانی، رئیس جمهور ایران، خواستند که مصطفی پورمحمدی وزیر پیشنهادی وزارت دادگستری در دولت‌اش را کنار بگذارد. آقای روحانی در تاریخ ١٣ مرداد ماه سال جاری، نام وزرای پیشنهادی دولت خود را در مراسم تحلیف ریاست جمهوری به مجلس شورای اسلامی ارائه کرد.
پورمحمدی طی سالهای ١٣٨٤ تا ١٣٨٧ درکابینه اول محمود احمدی نژاد، مسوولیت وزارت کشور را بر عهده داشت و در سالهای ١٣٦٦ تا ١٣٧٧، معاون وزیر اطلاعات بود. پیش از این سازمان‌های مدافع حقوق بشر، به نقش او در نقض فاحش حقوق بشر که برخی از موارد آن، می‌تواند به عنوان جنایت علیه بشریت، قلمداد شود، ازاین میان، اعدام هزاران ناراضی سیاسی در سال ١٣٦٧ و قتل برخی از روشنفکران و روزنامه‌نگاران منتقد و برجسته ایرانی در ١٣٧٧ تاکید کرده بودند. او در مقام وزیر دادگستری، می‌تواند در تحقیقات مربوط به نقض حقوق بشر در ایران اعمال نفوذ کند و تاثیر منفی داشته باشد.
هادی قائمی، مدیرکمپین بین المللی حقوق بشردرایران گفت: « آقای روحانی که درجریان مبارزات انتخاباتی، کرارا وعده داد بود که از حقوق مردم ایران حفاظت می‌کند و موارد نقض جدی حقوق بشر را مد نظر خواهد داشت، به جای منصوب کردن پورمحمدی به عنوان وزیر دادگستری، وی و دیگر مقامات ایرانی باید متعهد به تعهدات بین المللی خود باشند و در باره‌ی نقش او در نقض فاحش حقوق بشر تحقیق به عمل بیاورند. مجلس نیز باید از تایید کردن وی اگر همچنان تا روز رای گیری به عنوان کاندیدا باقی بماند خودداری کند.»
سازمان دیده بان حقوق بشر در سال ١٣٨٤ در گزارشی که تحت عنوان «وزرای مرگ» منتشر کرد، نقش مستقیم پورمحمدی را در جریان اعدام فراقضایی هزاران تن از زندانیان سیاسی مستند کرده است. در تابستان سال ١٣٦٧، پورمحمدی که معاون وزیر اطلاعات بود، عضوهیاتی بود که متهم است از هزاران زندانی سیاسی بازجویی و آنها را به سوی جوخه های مرگ فرستاده است. احکام مرگ در حالی صادر شد، که دادگاه‌های انقلاب پیش از آن، شمار زیادی از این افراد را محاکمه و به زندان محکوم کرده بود. این احکام نیز براساس اتهاماتی مانند اقدام علیه امنیت ملی و از سوی دادگاه‌هایی ناعادلانه صادر شده بودند.
در تابستان ١٣٦٧، درمدت چند هفته، مصطفی پورمحمدی و دیگر مقامات عضو در کمیسیون‌های مشابه در سراسر کشور، هزاران نفر از زندانیان سیاسی از جمله تعدادی از روزنامه نگاران را بازجویی کردند، تا مشخص کنند آیا آنها همچنان به عقاید خود پایبند هستند یا حاضرند از «جرائم» خود «توبه» کنند. پس از جلسات بازجویی، که اغلب بیشتراز چند دقیقه به طول نمی انجامید و هیچ شباهتی به دادگاه واقعی نداشت، اعضای کمیسیون حکم اعدام زندانیانی را که از ابراز پیشیمانی خودداری کرده بودند، صادر می‌کردند. مقامات اجرایی آنگاه، احکام اعدام را که بنا بر «فتوای» بود که از سوی آیت الله خمینی به عنوان مرجع تقلید و رهبرانقلاب اسلامی صادر شده بود، و دستورات دیگر مقامات عالی رتبه قضایی اجرا کردند.
ماده ١٦٠ قانون اساسی ایران تصریح می‌کند که «وزير دادگستری مسئوليت كليه مسائل مربوط به روابط قوه قضائيه با قوه مجريه و قوه مقننه را بر عهده دارد و از ميان كساني كه رييس قوه قضاييه به رييس جمهور پيشنهاد مي كند، انتخاب می‌گردد.» نقش ونفوذ وزیر دادگستری بیشتراداری محسوب می‌شود.
درگزارش سال ١٣٨٤ سازمان دیده بان حقوق بشر آمده است که شکل سیستماتیک و برنامه ریزی شده‌ی اعدام های سال ١٣٦٧ می تواند به عنوان جنایت علیه بشریت قلمداد بشود. شهریورامسال، بیست و پنجمین سالگرد قتل عام در زندان‌های ایران در سال ١٣٦٧ است و خانواده ها و نزدیکان قربانیان همچنین مدافعان حقوق بشر ایران، خود رابرای یادبود این سالگرد آماده می کنند. مقامات دولت ایران کرارا اعضای خانواده اعدام شدگان را مورد آزار واذیت قرار داده، آنها را احضار و بازجویی و بازداشت کرده اند و دربرخی موارد از برگزارمراسم یادبود در گورستان محل دفن آنها جلوگیری می کنند.
لوسی موریون، مدیر بخش پژوهش، گزارش‌گران بدون مرز گفت: « انتخاب پورمحمدی نه تنها یک سیلی بر کسانی است که علیه مصونیت از مجازات تلاش می‌کنند، که توهین به خانواده‌های روزنامه‌نگاران و زندانیان سیاسی‌ست که در زمان مسوولیت وی، کشته شده‌اند. نباید تأثیر این انتخاب را بر روزنامه‌نگاران و تولید کنندگان خبر نادیده گرفت، آن هم در زمانی که مردم ایران بیشتر از هر زمان دیگری نیاز به اطلاع رسانی مستقل برای تصمیم‌گیری درست دارند. چرا که رسانه‌ها در چنین شرایطی نقش پاسخگو کردن قدرت و ایجاد توازن در جامعه را ایفا می‌کنند.»
در سالهای ١٣٦٧ تا ١٣٧٧، پورمحمدی مسوول بخش عملیات اطلاعات خارجه در وزارت اطلاعات بود، در همان زمان ده‌ها تن از ناراضیان سیاسی در خارج از کشور به قتل رسیدند. ایران هیچ گاه در این باره تحقیقات قابل قبولی برای مشخص کردن نقش احتمالی او در این قتل‌ها انجام نداده است.
پورمحمدی به ویژه می‌تواند در کشتن چندین روشنفکر برجسته کشور نقش داشته باشد. در سال ١٣٧٧، ماموران وزارت اطلاعات دست‌کم پنج تن از روشنفکران برجسته کشور،از جمله چند روزنامه‌نگار را در تهران و در ماجرایی که به عنوان «قتل های زنجیره ای» معروف شد، به قتل رساندند. در سال ١٣٧٩، دولت سیدمحمدخاتمی تحقیقاتی را در خصوص این قتل‌ها آغاز کرد.
درسال ١٣٨٤، دو منبع با اطلاعات دست اول، به دیده بان حقوق بشر گفتند، که پورمحمدی در جریان این تحقیقات مقصر شناخه شده بود و حتی قرار بود که حکم بازداشت هم برای او صادر شود. اما پیش از آن، مقامات تصمیم گرفتند که او را از کار برکنار کنند و به این موضوع خاتمه دهند. دیده بان حقوق بشر در تاریخ ٦ آبان ١٣٨٤ در نامه‌ای به مصطفی پورمحمدی خواهان پاسخوگویی وی در باره این ادعاها شد. وی اما هیچ‌گاه به این درخواست پاسخی نداد.
جو استورک، مدیر بخش خاورمیانه دیده بان حقوق بشر گفت: « درتمام مدت مبارزات انتخاباتی، روحانی قول داده بود که از که از حقوق مردم دفاع کند. اما انتخاب پورمحمدی برای وزارت دادگستری کاملا یک پیام ناامید کننده در خصوص تعهد رئیس جمهور جدید، به ویژه در باره‌ی احترام به تعهدات بین‌المللی ایران است.»
