سید محمد خامنه‌ای برادر بزرگتر سیدعلی خامنه‌ای در گفتگو با نشریه رمز عبور که از سوی خبرگزاری فارس بازنشر شده است؛ ضمن حمله به هاشمی رفسنجانی،اعدام سیدمهدی هاشمی و برکناری آیت الله منتظری از جانشینی رهبری را نتیجه رقابتهای درون نظام جمهوری اسلامی و توطئه هاشمی رفسنجانی دانسته‌است وی در بخشی از مصاحبه خود گفته‌است: “سفر مک‌فارلین به ایران و میهمان هاشمی شدن او و بعد از آن افشای آن توسط بیت منتظری همین رقابت پنهانی بیت منتظری و حواشی هاشمی بر سر تماس و معامله و حتی قرارداد با آمریکا و اقمار او بود. یعنی سفر مک فارلین را بیت منتظری قاپیدن آمریکا توسط رقیب می‌دانستند و لذا پته هاشمی را بر آب زدند تا به تصور آنها از طرف امام مطرود و منزوی و حتی محاکمه و رسوا شود و خودشان در مقام طرف معامله با آمریکا باقی بمانند.
بخت با هاشمی یار بود که چند نفر نماینده وطن‌دوست احساس مسئولیت کردند و تن به قضا دادند و سؤال خود را مطرح کردند و با یک توطئه همه‌جانبه بلایی که رسیده بود از سر هاشمی گذشت و به آن چند نماینده مظلوم خورد و سیدمهدی هاشمی هم سرش را بر سر این قمار از دست داد و توسط گروه رقیب به محاکمه و اعدام سپرده شد.”
محمد خامنه‌ای همچنین در این گفتگو بسیاری از حوادث مهم ابتدای انقلاب را ناشی از توطئه دشمن دانسته و مقامات جمهوری اسلامی را نیز نفوذی آمریکا می‌داند و می‌گوید:
“همه آگاهان می‌دانستند که جانشین امام یا شهید مطهری یا آقای منتظری و یا آقای بهشتی است و دشمن فکر می‌کرد در صورتی که راهی با توافق با آنها پیدا نشود باید آنها را از سر راه برداشت، پس از شهادت استاد مطهری نگاه به سمت این ۲ نفر دیگر رفت. آقای منتظری شخصاً دست دوستی با آمریکا نمی‌داد ولی در اطراف او کسانی بودند که با ساواک سابقه همکاری داشتند و به آمریکا ندای همکاری داده بودند.
مرحوم بهشتی هم با وجود تمامیت‌خواهی باز مردی دشوار و علی رغم ظاهری لیبرالیستی، متدین و به انقلاب وفادار بود. و خودش را به غرب نمی‌فروخت و شهادت او نشان داد که اولاً از همکاری با وی مأیوس بودند ثانیاً مانع توجه و کار کردن آنها روی دیگران از جمله شیخ اکبر هاشمی می‌شد که آمریکا در گوشه چشم او را هم نامزد کرده بود و بخوبی نقاط ضعف او را می‌دانست. بنابراین گزینه مورد نظر فقط هاشمی و بیت مرحوم منتظری بود.”
وی همچنین فاش کرده است که اکبر هاشمی رفسنجانی شخصاً‌با مک فارلین ملاقات کرده است زیرا: “پس از یک جلسه مقدماتی، قاعدتاً خود هاشمی وارد مذاکره شده بود چون مسلماً شخص دوم آمریکا حاضر نبود پیام و هدایای خود را به کس دیگری غیر از مقام بالا (رئیس مجلس) بدهد گر چه به دروغ این ملاقات را منکر شدند و گفتند که مک فارلین از اینکه با مقامات عالیه روبرو نشده عصبانی بوده. ولی خود هاشمی در جلسه غیر رسمی مجلس (که ضبط شده) پس از بروز فضاحت موضوع هرگز نگفت که ملاقاتی نکرده است بلکه گفت: حیف نگذاشتند که کار به آخر برسد چون این کار یک «فتح‌الفتوح» بود.”
وی همچنین در اظهار نظری بیان داشته است که هاشمی از طریق پست ریاست جمهوری در صدد کسب مقام رهبری پس از مرگ خمینی بوده‌است: “ریاست جمهوری هاشمی مقدمه‌ای برای هماهنگ‌سازی امور و زمینه‌سازی برای ایجاد پایگاه قدرت و خیز به سمت آرزوی دیرینه پس از فوت امام بود ولی قدری دیر شده بود و با حکمت و عنایت الهی و با تصمیم و رأی ناگهانی و تقریباً بی‌مقدمه مجلس خبرگان رهبری، آقای خامنه‌ای انتخاب شد و کار از کار گذشت و توطئه آمریکایی به راه دیگری افتاد که نمونه آن فتنه‌های سال‌های ۷۸ و ۸۸ است و این حکایت همچنان باقی است.”
این در حالی است که خامنه‌ای در زمان مرگ خمینی مقام ریاست جمهوری را بر عهده داشته‌است.
وی همچنین پذیرش قطعنامه ۵۹۸ ازسوی ایران را نیز از سیئات هاشمی رفسنجانی و در راستای کمک به صدام حسین و آمریکا دانسته و گفته است:
“انتخاب میرحسین در دوره دوم وزر و وبالی است که دامن همه را گرفت و ضایعات و صدماتی داشت که ظاهراً هنوز درباره آن چیزی نوشته نشده و یکی از سیئات هاشمی هم شمرده می‌شود، و یک نمونه و مصداق آن تحمیل پذیرش قطعنامه ضد جنگ به امام و امّت و کمک به صدام و به سیاست آمریکا بود.”
