دکتر صادق زیباکلام استاد دانشگاه تهران در نوشتاری در روزنامه آرمان نوشت:
چند روزاست که آقای حمید بقایی یکی از معاونین آقای احمدی‌نژاد بازداشت شده است. اینکه به چه دلایلی ایشان بازداشت شده‌اند اعلام‌نشده است. آیا این بازداشت به علت اقدامات شخصی آقای حمید بقایی بوده یا اینکه به پرونده‌هایی که در مورد دولت قبل مطرح است، مربوط می‌شود؟ هنوز سرنوشت پرونده‌هایی مانند دانشگاه ایرانیان و سعید مرتضوی یا تخلفات دیگر مشخص نشده است. درعین‌حال این احتمال هم وجود دارد که بازداشت آقای بقایی به مسائل مالی مربوط نباشد زیرا اگر درخاطرداشته باشیم حدود یک سال پیش یکی از دوستان و همکاران آقای احمدی‌نژاد برای مدتی بازداشت شد. علت بازداشت او مربوط به مسائلی خاص بود اما این احتمال برای آقای بقایی بعید است. زیرا آقای بقایی فعال مطبوعاتی نبود و می‌توان گمانه‌های دیگر برای بازداشت او مطرح کرد.
البته زمانی که آقای محمدرضا رحیمی -معاون اول دولت دهم- مجرم شناخته و راهی زندان شد، آقای احمدی‌نژاد رسما وی را تکذیب کرد ولی این کار را درمورد آقای بقایی نمی‌تواند انجام دهد. زیرا رحیمی در دولت آقای هاشمی نیز مسئولیت داشت و فرماندار بود در نتیجه احمدی‌نژاد می‌توانست اعلام کند اگر رحیمی معاون اول من بود به طور یقین فرماندار آقای هاشمی هم بوده است! ولی آقای بقایی قبل از آقای احمدی‌نژاد پست مدیریتی مهمی نداشته و برای اولین‌بار احمدی‌نژاد به بقایی پست داده و او بود که بقایی را به مردم معرفی کرد. بقایی در هیچ‌کدام از دولت‌های گذشته پستی نداشته است.
در نتیجه نوع برخورد با رحیمی و بقایی از طرف احمدی‌نژاد دوگانه نیست! احمدی‌نژاد بقایی را شخصا وارد عرصه مدیریتی کشور کرده است و به هیچ شکل نمی‌تواند انتصاب وی را به خود تکذیب کند. علی‌الظاهر حمید بقایی یعنی احمدی‌نژاد و احمدی‌نژاد با بقایی است؛ البته جالب اینجاست که برخی اصولگرایان که پایگاه اجتماعی و سیاسی‌شان متزلزل شده به‌خوبی می‌دانند که هیچ چهره و شخصیتی وجود ندارد که در انتخابات مجلس برای اصولگرایان رای‌آور باشد. احمدی‌نژاد درمیان مردم رای خوبی دارد و اگر احمدی‌نژاد نباشد، روز خوبی برای آنها نخواهد بود و احتمال می‌رود در هر انتخاباتی شکست بخورند.
