روزنامه انقلاب اسلامی در شماره ۲۰ خرداد ۱۳۵۹ نظرات صادق خلخالی را در ستون «مسئولان از خود انتقاد می‌کنند» منتشر کرد که در آن سرپرست سابق دادگاه‌های انقلاب و سرپرست وقت مبارزه با مواد مخدر در نقد خود گفت در دادگاه‌های انقلاب کوتاه آمده است. بازنشر آن مقاله را در زیر می خوانید:
بارها خدمت امام عرض کرده‌ام و با رئیس‌جمهور هم در میان گذاشته‌ام که بعضی مواقع از جمله در دادگاه‌های انقلاب و در اوایل پیروزی انقلاب کوتاه آمده‌ام بدین معنی آنچنان که می‌بایست و به حق هم می‌بایست با جنایتکاران طاغوتی عمل شود، عمل نشده چراکه متهم حقش اعدام بوده و می‌بایست اعدام هم شود ولی خب… نکرده‌ایم و این از گناهان من است و خداوند ممکن است از این گناه من گذشت نکند.
یکی دو نفر دیگر هم در سقز و مهاباد بودند که دیدم نمی‌شود این‌ها را اعدام کرد و عواطف و احساسات بر من غلبه کرد. یکی دیگر زنی بود با نام «خاموشی چشم» که مورد بخشش من واقع شد؛ ولی حالا راجع به ایشان خود را مورد انتقاد قرار می‌دهم که چرا این فرد را آزاد کردم زیرا که یکصد و شش کیلوگرم هروئین، این شخص به مملکت وارد کرده بود و این‌طور به من اطلاع دادند که باز هم به کار خود ادامه می‌دهد و در حال توطئه کردن است و چنانچه به این عمل خود ادامه دهد مسلما محاکمه خواهد شد.
انتقادی دیگر که به من وارد است و به حق هم وارد است عدم سیاسی‌کاری من است. بدین توضیح حرفی را که باید آخر بزنم اول می‌زنم و به قول سیاستمدارها و سیاسی‌کارها همه پل‌ها را خراب می‌کنم و این باعث خواهد شد که خودمان نتوانیم عبور کنیم و در حقیقت پل برای عبور خودمان خراب می‌شود و شاید این درست نباشد و خوشایند نباشد که به این صورت صحبت شود و همه چیز را بگوییم. مثالی دیگر برای این قضیه: روز اول مجلس شورای انقلاب اسلامی من به آقای بازرگان اعتراض کردم و اگرچه خیلی‌ها با من موافق بودند خاموش ماندند. بله این بدی‌های من است.
