دکتر شاهین دادخواه روز ۷ آذرماه ۱۳۹۴ در حالی از زندان آزاد شد که قربانی پرونده‌سازی وزارت اطلاعات دولت احمدی‌نژاد برای تیم مذاکره کننده هسته‌ای دولت اصلاحات شده بود. وی به دلیل نزدیکی با «سیدحسین موسویان» عضو ارشد مذاکره کننده هسته‌ای دولت اصلاحات و اتهامات واهی محمود احمدی‌نژاد به وی و تیم همراهش بازداشت و مدت زیادی را در بند ۷ زندان اوین گذراند.
تارنمای سحام نیوز گزارش کرد، چندی پیش ماموران اطلاعات سپاه در شهر تبریز، اقدام به جمع‌آوری کتاب وی با نام «از شورای‌عالی امنیت ملی تا زندان اوین» که در برگیرنده مجموعه مقالات و نوشته‌های دوران زندان این مشاور پیشین شورای‌عالی امنیت ملی است، کرده بودند.
شاهین دادخواه در بهمن ماه سال گذشته و در آستانه انتخابات مجلس دهم به دلیل آنچه که حمایت معنوی و ارائه مشاوره فکری به برخی کاندیداهای اصلاخ طلب و هوادار خوانده میشد ، به دفعات مورد بازپرسی قرار گرفته بود.
شاهین دادخواه پیشتر طی نامه ای به خامنه ای، ضمن دفاع و رد اتهامات وارده که منجر به حبس وی شده؛ خواهان دخالت وی در پرونده اش شده بود.
